ทั้งสามประตูนี้เป็นประตูหลัก และจะเปิดใช้ในโอกาสพิเศษเท่านั้น
(4) ประตูโรมานา (Porta Romana) เมื่อก่อนเป็นประตูเข้าออกสำหรับสตรี
(5) ประตูมัคคุเทศก์ (Porta Guidonea) เป็นจุดที่คนนำเที่ยวนัดพบนักท่องเที่ยวและผู้มาแสวงบุญ ประตูนี้ใช้สำหรับปีศักดิ์สิทธิ์ต่างๆ โดยเฉพาะ

ประตูปีศักดิ์สิทธิ์ได้ถูกรักษาอยู่ในสภาพดีพอสมควรจนกระทั่งสมัยของพระสันตะปาปาปอลที่ 6 พระองค์ได้สั่งให้ตบแต่งประตูเหล่านี้อย่างเป็นทางการ และเปิดใช้ในปีศักดิ์สิทธิ์ 1975 ตอนที่พระสันตะปาปาปอลที่ 6 ยังเป็นพระคาร์ดินัลมอนตินินั้น พระองค์ได้เป็นผู้ช่วยของพระสันตะปาปาปิโอที่ 12 ในพิธีเปิดปีศักดิ์สิทธิ์ 1950 ด้วย

บนทางเดินลอดส่วนโค้งไปยังประตูศักดิ์สิทธิ์ มีประตูสูงมากอยู่สองบาน แต่ละบานมีแผ่นกรุทึบ 8 แผ่น ระหว่างแผ่นกรุ มีแถบกั้นเป็นตราประจำตำแหน่งของพระสันตะปาปาองค์ก่อน ซึ่งเป็นผู้ที่ได้เปิดประตูศักดิ์สิทธิ์

ตราของพระสันตะปาปาปิโอที่ 12 และปอลที่ 6 อยู่ใต้แผ่นกรุบานประตูที่ 9     แผ่นกรุทั้ง 16 แผ่น ที่อ่านจากซ้ายไปขวา และบนลงล่าง ได้ลงภาพเรื่องราวต่างๆ ของพระเยซูเจ้า ที่เน้นถึงการให้อภัยและการคืนดีกัน

ในแผ่นกรุบานประตู 4 แผ่นแรก มีรูปภาพเหตุการณ์ที่ได้เกิดขึ้นตามลำดับ เราถวายเกียรติแด่พระนางมารีอา ในฐานะพระชนนีของพระมหาไถ่ พระนางเป็นทางเข้าสู่การเป็นมนุษย์ของพระองค์ และทางเข้าสวรรค์ของเรา

แผ่นกรุบานประตูที่ 1 และ 2 เป็นรูปภาพของอาดำและเอวาถูกขับออกจากสวนสวรรค์ ภาพ ณ แผ่นดิน บนต้นไม้มีงูที่ได้ล่อลวงมนุษย์ให้ทำบาป สัตว์ต่างๆ กำลังแตกตื่นและหลบหนีภัยอันตราย เทวดาผู้ถือดาบไฟในมืออย่างเคียดแค้นสั่งให้อาดำที่กำลังอับอายและหวาดกลัว ห่อหุ้มตัวด้วยใบไม้ และเอวาที่ร้องไห้สะอึกสะอื้น เดินออกจากสวนสวรรค์ทางประตู

แผ่นกรุบานประตูที่ 3 และ 4 แสดงความสงบสุขในการแจ้งข่าวแด่พระนางมารีอา พระนางนั่งสวดภาวนา ใกล้โต๊ะสำหรับรำพึง มีหนังสือพระคัมภีร์กางอยู่ ม่านเปิดอยู่และผูกไว้ทั้งสองข้าง บอกบรรยากาศแห่งการต้อนรับด้วยความยินดี ข้างๆ พระนางมีกระถางปลูกต้นพลับพลึงกับดอกไม้สามดอก ม่านที่ปิดเชื่อมแผ่นกรุบานประตูทั้งสองหมายถึง แผนการณ์ของพระเป็นเจ้าที่ยังไม่ได้เปิดเผย อัครเทวดาคาเบรียลได้มาหาพระนางมารีอา ด้วยสันติสุขเปี่ยมด้วยพระหรรษทานของพระเป็นเจ้า และได้แจ้งให้พระนางทราบว่าองค์พระเจ้าได้ทรงเลือกพระนางเป็นพระชนนีของพระมหาไถ่ เทวดาได้ถวายดอกไม้แด่พระนางเป็นเครื่องหมายว่า พระเป็นเจ้าทรงพอพระทัยในความมีน้ำใจเอื้ออารีของพระนาง

แผ่นกรุบานประตูทั้งสี่มีคำภาษาลาตินจารึกอยู่ คำจารึกในแผ่นกรุที่ 2 และ 3 มาจากบทเพลิงสรรเสริญพระนางพรหมจารีมารีอา ประพันธ์โดย วีแนนตีอุส ฟอตูเนตัส พระสังฆราชแห่งเมืองปอยติเอ ประเทศฝรั่งเศสประมาณปี 600 ทางซ้ายมือเขียนว่า "สิ่งที่เอวาผู้โศกเศร้าได้สูญเสียไป" และทางขวามือเขียนว่า "พระนางได้สิ่งที่สูญเสียไปกลับคืนมา โดยอาศัยพระบุตรของพระนาง" สองบรรทัดสุดท้ายอ่านว่า "พระนางได้เปิดประตูสวรรค์ให้คนบาปขึ้นไปถึงดวงดาวในเวหา" ในสมัยที่เพิ่งสร้างประตูนี้ บทเพลงสรรเสริญแม่พระเป็นที่รู้จักกันทั่วโลก และใครที่ได้อ่านก็จะจำได้ในทันที

แผ่นกรุบานประตูที่ 5 ถึง 15 แสดงให้เห็นว่า พระเยซูเจ้าเป็นองค์พระเจ้า พร้อมเสมอที่จะให้อภัยคนที่สำนึกผิด

แผ่นกรุที่ 5 พระเยซูเจ้าทรงรับศีลล้างบาป เทวดาองค์หนึ่งถือพระภูษาของพระเยซูเจ้า ขณะที่พระองค์กำลังยืนในแม่น้ำจอร์แดน พระคริสตเจ้าได้ไขว้พระหัตถ์บนพระอุระของพระองค์ หมายถึงการยินยอมให้นักบุญยอห์น บัปติสท์ เทน้ำลงบนพระเศียรของพระองค์ ศีลล้างบาปเป็นการประกาศอย่างตั้งใจจริงที่จะเลิกทำบาป และเป็นคำมั่นสัญญาที่จะดำรงชีวิตตามน้ำพระทัยของพระเป็นเจ้า พระเยซูเจ้าไม่จำเป็นต้องรับศีลล้างบาป แต่พระองค์ทรงรับศีลนี้เพื่อย้ำถึงความสำคัญที่พระองค์เสด็จมาในโลก เพื่อกอบกู้มนุษยชาติให้พ้นจากบาปและเป็นแบบอย่างแก่เรา ณ จุดนี้เอง นักบุญยอห์นได้ประกาศว่า พระคริสตเจ้าเป็น "ลูกแกะพระเจ้า ผู้ยกบาปของโลก!" คำจารึกภาษาลาตินสะท้อนให้เห็นความพิศวงงงงวยของนักบุญยอห์นเมื่อท่านพูดกับพระองค์ว่า "พระองค์เสด็จมาหาข้าพเจ้า?"

แผ่นกรุบานประตูที่ 6 พระเยซูเจ้าเป็นนายชุมพาบาลที่ดี เป็นรูปภาพที่วาดได้สวยงามเหมาะเจาะ แสดงภาพบนเชิงเขา สูงขึ้นไปเป็นที่ซึ่งฝูงแกะกำลังเล็มหญ้าอยู่ พระหัตถ์ข้างหนึ่งของพระเยซูเจ้ายึดกิ่งพุ่มไม้อย่างเหนียวแน่น ในขณะที่พระองค์ยื่นพระหัตถ์อีกข้างหนึ่งลงไปเบื้องล่าง เพื่อฉุดลูกแกะที่ได้หล่นลงไปกลับขึ้นมา พระหัตถ์ทั้งสองข้างที่ยื่นออกไป มีกล้ามเนื้อเกรงตึง หมายถึงการถวายชีวิตเพื่อลูกแกะของพระองค์ในอนาคต คำจารึกภาษาลาตินอ่านว่า "เพื่อกอบกู้สิ่งที่ได้พินาศไป"

แผ่นกรุบานประตูที่ 7 ลูกล้างผลาญ นิทานเปรียบเทียบที่คริสตชนรู้จักเป็นอย่างดีเกี่ยวกับการให้อภัยและการยอมรับสู่การเป็นพ่อลูกกันใหม่ บิดาสูงอายุได้มองดูท้องฟ้าด้วยความกตัญญูรู้คุณต่อพระเป็นเจ้า ที่พระองค์ได้โปรดให้ลูกชายกลับคืนมา หลังจากที่เขาได้เร่ร่อนไปในดินแดนไกลๆ ใช้ชีวิตของตนอย่างเสเพล และผลาญเงินมรดกจนไม่มีเหลือแม้แต่สตางค์แดงเดียว ลูกชายได้คุกเข่าลงข้างหน้าบิดา ด้วยความเศร้าโศกเสียใจที่ได้ทำผิดมหันต์ ข้างๆ มีต้นปาล์มสองต้น และม้าตัวหนึ่งกำลังจ้องมอง ใกล้ๆ มีบ่อน้ำและถังตักน้ำ คำจารึกภาษาลาตินอ่านว่า "คุณพ่อครับ ผมได้ทำผิดต่อสวรรค์และพ่อ"

แผ่นกรุบานประตูที่ 8 พระเยซูเจ้าทรงรักษาคนที่เป็นอัมพาต คนป่วยได้รับการหย่อนลงมาจากหลังคาบ้านมุงด้วยกระเบื้อง มาตรงที่พระองค์ยืนอยู่ พระองค์บอกเขาให้เก็บแคร่และเดิน ผู้คนบางคนคัดค้านเพราะพระองค์ได้พูดว่า: "บาปของท่านได้รับการอภัยแล้ว!" พระเยซูเจ้าทรงตอบคนที่ไม่เห็นด้วยกับพระองค์ว่า "เพื่อท่านจะได้ทราบว่า บุตรแห่งมนุษย์มีพระฤทธานุภาพในการอภัยบาป เราพูดกับท่านว่า "เก็บเสื่อของท่าน และลุกขึ้นเดิน"

แผ่นกรุบานประตูที่ 9 พระเยซูเจ้าทรงให้อภัยหญิงคนบาป พระองค์เสวยพระอาหารค่ำที่บ้านของชาวฟารีเซวคนหนึ่ง ผู้ซึ่งไม่ได้จัดเตรียมน้ำไว้ให้พระองค์ล้างพระบาท หญิงคนบาปได้เจิมพระบาทของพระองค์ด้วยน้ำหอมราคาแพง เธอได้ร้องไห้ น้ำตาไหลลงแทบพระบาทของพระองค์ และเธอได้เช็ดพระบาทของพระองค์ให้แห้งด้วยผมของเธอ คำจารึกภาษาลาตินอ่านว่า "บาปของหญิงคนนี้ได้รับการอภัยหมดแล้ว!"

แผ่นกรุบานประตูที่ 10 เราจะต้องให้อภัยคนกี่ครั้ง? นักบุญเปโตร อัครสาวก ได้ถามพระเยซูเจ้าว่าเขาจะต้องให้อภัยคนที่ทำผิดต่อเขากี่ครั้ง โดยแนะนำว่า 7 ครั้งพอหรือไม่ ซึ่งตัวเลขนี้เป็นตัวเลขสูงที่สุดในความคิดของเขา พระองค์ทรงตอบด้วยตัวเลขที่ไม่รู้จักจบ: 7 ครั้ง 70 หน (นั่น คือ 7 คุณ 70 ตามหลักคณิตศาสตร์)

แผ่นกรุบานประตูที่ 11 พระเยซูกับนักบุญเปโตร คราวนี้เป็นทีของเปโตรที่ต้องขอโทษพระองค์ ในชั่วโมงต้นๆ ของวันศุกร์ศักดิ์สิทธิ์ตอนเช้า พระเยซูเจ้าเป็นนักโทษถูกมัดที่พระหัตถ์ กำลังเดินอยู่ในบริเวณคฤหัสถ์ของปิลาโต ทหารกำลังพาพระองค์ไปพบเขา พระองค์ได้ตรัสไว้ล่วงหน้าว่า ก่อนไก่ขันสองหน เปโตรจะปฏิเสธพระองค์ 3 ครั้ง ในรูปภาพ ทางลอดส่วนโค้งสามอันหมายถึงการปฏิเสธ 3 ครั้งของอัครสาวกเปโตร ไก่ตัวหนึ่งอยู่เหนือส่วนโค้งกำลังขันส่งเสียงดัง หลังทางลอดส่วนโค้งมีสาวใช้คนหนึ่ง เปโตรได้ยืนยันกับเธอว่า เขาไม่รู้จักพระเยซูเจ้า เมื่อเขาหันหน้าไปสบพระเนตรของพระองค์เข้า เขาเริ่มตระหนักว่าเขาได้ทรยศพระองค์ และไม่สามารถแก้ไขสถานการณ์ให้ดีขึ้นได้ เปโตรจึงร้องไห้อย่างขมขื่น (เหมือนอาดำและเอวาที่ร้องไห้เมื่อถูกขับออกจากสวนสวรรค์) คำจารึกภาษาลาตินอ่านว่า "และหันหลัง พระองค์ได้ทรงแลเห็นเปโตร"

แผ่นกรุบานประตูที่ 12 พระเยซูเจ้าถูกตรึงและแขวนอยู่บนไม้กางเขน ในขณะเข้าตรีทูต พระองค์ได้หันพระพักตร์มายังนักบุญดิสมัส โจรที่เป็นคนดี ผู้ซึ่งถูกตรึงกางเขนพร้อมกับพระองค์ และได้ทรงสัญญากับเขาว่า "วันนี้ท่านจะได้อยู่กับเราในสวรรค์"

แผ่นกรุบานประตูที่ 13 พระเยซูเจ้าทรงประจักษ์แก่อัครสาวกโทมัส พระองค์ได้กลับเป็นขึ้นมาจากความตายและประจักษ์ท่ามกลางอัครสาวกทั้งหลาย ท้าทายนักบุญโทมัส ผู้สงสัย พิสูจน์รอยแผลในพระหัตถ์ทั้งสองและสีข้างของพระองค์ เขาได้พิจารณารอยแผลของพระองค์ที่ถูกแทงด้วยปลายหอก ในขณะที่พระองค์ตรัสว่า: "คนที่ไม่ได้เห็นแต่เชื่อเป็นผู้มีบุญ" ฉากนี้เกิดขึ้น ณ ประตูทางเข้าห้องชั้นบน ซึ่งอัครสาวกได้ล็อกกุญแจไว้เนื่องจากความหวาดกลัว และเป็นการป้องกันตัวจากภัยที่กำลังคุกคามอยู่

แผ่นกรุบานประตูที่ 14 การประทานพระจิตเจ้าและการอภัยบาป คืนวันปราสกา พระเยซูเจ้าได้ผ่านประตู ที่ลั่นกลอนไว้ของห้องชั้นบน เข้าไปหาอัครสาวก คำแรกที่พระองค์ทรงตรัสคือ: "ขอให้สันติสุขสถิตกับท่าน" เป็นการยืนยันถึงการให้อภัยของพระองค์เมื่อเขาทั้งหลายได้ทอดทิ้งพระองค์ ในเวลาที่พระองค์ต้องการเขาทั้งหลายอย่างที่สุด แล้วพระองค์ได้ประทานพระฤทธานุภาพให้อัครสาวกมีอำนาจยกบาปในพระนามอันศักดิ์สิทธิ์ของพระองค์ คำจารึกภาษาลาตินอ่านว่า: "จงรับพระจิตเจ้า บาปอะไรก็ตาม ที่ท่านให้อภัย ก็จะได้รับการอภัย . . . "

แผ่นกรุบานประตูที่ 15: นักบุญเปาโลได้กลับใจและรับการอภัยบาป เปาโลผู้ซึ่งเกลียดชังคริสตชน กำลังเดินทางไปยังเมืองดามัสกัสในประเทศซีเรีย ภาพประจักษ์มาของพระเยซูเจ้าได้ทำให้ท่านตาบอดหล่นจากอานม้า เปาโลพยายามลุกขึ้นยืนในขณะที่พระองค์ตรัสว่า: "เราคือพระเยซูที่ท่านเบียดเบียน" พระองค์ได้ทรงทำให้เปาโลกลับใจเป็นชาวคริสต์ แล้วเขาได้กลายเป็นอัครสาวกและนักแพร่ธรรมผู้ยิ่งใหญ่ของพระศาสนจักร เขาเป็นแบบอย่างของคนที่ได้กลับใจและรับการอภัยบาป ผู้ซึ่งสิ่งที่ดีงามใหม่ๆ กำลังรอคอยอยู่ข้างหน้า

แผ่นกรุบานประตูที่ 16: พระสันตะปาปาปิโอที่ 12 เปิดประตูปีศักดิ์สิทธิ์ในปี 1950 พระองค์ยืนอยู่หน้าประตู ซึ่งพระองค์กำลังจะเปิด สำหรับปีศักดิ์สิทธิ์ 1950 พระองค์ได้ประกาศเป็นข้อความเชื่อ การยกขึ้นสวรรค์ทั้งกายและวิญญาณของพระนางพรหมจารีมารีอา และนักบุญอันตนแห่งปาดัวเป็นนักปราชญ์ของพระศาสนจักร นักบุญองค์นี้สิ้นใจในปี 1231 ขณะขับร้องเพลง "O Gloriosa" ขณะพระสันตะปาปาเคาะประตูด้วยค้อนชนิดพิเศษ

พระคาร์ดินัลสององค์คุกเข่าอยู่ข้างๆ พระองค์ ผู้ที่ถือเทียนอยู่ในมือคือพระคาร์ดินัลมอนตินิ ต่อมาท่านได้เป็นพระสังฆราชประจำเมืองมิลาน และดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปาปอลที่ 6 สืบต่อจากพระสันตะปาปายอห์นที่ 23 ทหารรักษาพระองค์ชาวสวิสยืนอยู่ข้างประตู คำจารึกภาษาลาติน ซึ่งคัดมาจากหนังสือเล่มสุดท้ายของพระคัมภีร์ เกี่ยวกับการทำนายเหตุการณ์ต่างๆที่จะเกิดขึ้นก่อนโลกสิ้นพิภพ อ่านว่า "เรายืนที่ประตู และเคาะ" ภายในพระมหาวิหาร มีรูปภาพลวดลายโมเสอิค อันสวยงาม ของนักบุญเปโตรถือกุญแจเมืองสวรรค์ และคำจารึกเป็นเกียรติแด่พระสันตะปาปาเคลมเม้นท์ที่ 10 และปีศักดิ์สิทธิ์ 1675